近年来，敦煌种业上下重视，采取强力措施全面加强了种子质量管理工作，制种质量得到有效提高。根据农业部及甘肃省、酒泉市种子管理部门2005、2006连续两年玉米种子质量重点抽检结果，敦煌种业均达到国标要求，敦煌种业赢得了质量形象，也为今后全面提升质量管理积累了经验，营造了潜力。
      敦煌种业是国内最早从事玉米、瓜菜制种的单位，种子产品质量一直在国内有较高声誉，所生产的种子粒籽饱满度、纯度高、发芽势强、质量优良，深受国内外客户的欢迎。前两年由于酒泉境内玉米制种面积扩大，制种隔离区调整难度加大，制种企业对制种面积迅速增加的应对措施准备不足，部分单位品种基地安排不适当，一度出现了质量问题，引起了敦煌种业上下的全面重视，董事长、总经理多次召开会议安排部署整改工作，调整了种子质量管理领导力量，确定一名副总经理主抓质量工作；相关业务部门针对质量管理的薄弱环节，完善了公司质量手册，制订了抓好质量管理，严格质量措施的方略措施，配备技术过硬、认真负责、协调能力强的技术人员现场指导，要求品种纯度达到98%以上，净度99%以上，芽率96 %以上，水份13%以下；为了整体提升敦煌种业质量形象，全面杜绝质量不合格事件发生，按照主要领导的安排，公司制定了《敦煌种业制种技人员制种技术指导管理责任书》，明确了技术人员的责任和义务，将质量达标和提升做为技术人员主要考核指标，严格奖罚制度，提高了技术人员加强管理和深化技术指导，强化各环节质量监控的力度。各种子分公司成立质量工作领导小组，加强与技术人员、村组干部的配合，全面加大各环节的质量控制措施的落实，并由质量检验人员及公司领导组成质量巡查队伍，进行全面质量巡查，发现问题及时解决，杜塞漏洞，把质量隐患消灭在萌芽状态。种业种子质量控制中心配合主管副总在杂交受粉的关键时期，加强与分公司联系与沟通，对分公司制种基地逐一进行抽查巡检，做到心中有数，指导到位，措施得力，使质量隐患得到彻底解决。
      经过公司上下不懈努力，国家连续两年抽检全部达标，省市抽检质量优良。其中2005年国家监管部门抽取的两份样品，吉单261纯度97.8%,净度100%,芽率99%,水份12.2%;新单23纯度97.9%,净度100%，芽率 97%，水份12%；甘肃省和酒泉市抽检7份样品，全面达到国家一级标准。
      根据农业部办公厅农办发[2007]40号《农业部办公室厅关于2006年种子质量监督抽查情况的通报》，敦煌种业2006年被国家抽取的两份样品，吉单261纯度97.3%，净度99.9%，芽率98%，水份11.3%；陕单8806纯度98.9%，净度99.9%，芽率96%，水份10.8%。