1、 敦煌种业被评为农业产业化优秀龙头企业。经农业部、国家发改委、财政部、商务部、中国人民银行、国家税务总局、中国证监会、中华全国供销合作总社等单位以农经发 [2005]19 号联合发出《关于表彰全国农业产业化工作先进单位、先进工作者和优秀龙头企业的决定》，对在农业产业化工作中做出突出成绩的 100 个先进单位、 335 名先进工作者和 100 家龙头企业进行了表彰，并颁发了奖牌和证书，敦煌种业作为我市唯一一家、全省四家、全国百家优秀龙头企业之一受到了表彰。同期，公司经农业部评审，于2005年12月被认定为农产品加工企业技术创新机构。 
    2、 甘肃敦煌种业果蔬制品建设项目竣工。2006 年 2 月 18 日，公司举行甘肃敦煌种业果蔬制品建设项目竣工及敦煌种业果蔬制品有限公司开业庆典议式，酒泉市委书记李沛文等领导参加了仪式。项目投产后，可日处理蕃茄酱 35 吨，日产蕃茄粉 12 吨，年产蕃茄粉 3000 吨。目前项目已达产达标，企业已通过了国际ISO9001质量管理体系认证、ISO14001环境管理体系认证、HACCP（嗨斯库）管理体系认证和尤太洁食体系认证，产品质量均达到了国际质量标准。 
    3、 敦煌种业数字信息化建设初见成效，公司网站被评为2006中国农业网站100强。近年来，敦煌种业先后购进高性能服务器和相关配套设施设备以适应现代化办公、经营业务需要的软件系统，成立了网络中心，已初步建成覆盖全公司21家单位的OA办公自动化网络、电算化财务管理网络和商品棉电子撮合交易及期货贸易系统。成立于2005年10月的公司网站现已刊载各类信息千余条，访问量达百余万人次，搜索排名已稳居前列。2006年，由农业部信息中心、中国互联网协会、中国电子商务协会联合举办的“2006中国农业网站100强”评选活动，敦煌种业网站（m.07tx99.cn）作为酒泉唯一一家企业网站入选。12月20日， “2006中国农业网站100强颁奖盛典”在北京梅地亚中心召开，敦煌种业荣获百强网站称号。 
    4、 敦煌种业顺利完成股权分置改革。在甘肃省证监局的指导下，公司于2006年4月15日开始，正式进入了股改程序。原股改方案兑价标准为每10股送2.8股，方案公告后经与流通股股东充分沟通，兑价方案调整为10送3.2股，非流通股股东向流通股股东兑价共支付2400万股。兑价完成后，流通股由7500万股增加到9900万股，非流通股由11096.64万减少为8696.64万股，减少21.63%，持股比例第一大股东将由26.88下降为20.65%，股权分置改革于在9月底顺利完成。  
    5、 敦煌种业号旅客列车开通。8月5日18：30，由敦煌种业冠名的兰州～敦煌首趟旅客列车敦煌种业号（N915/916次）开行仪式隆重举行。借此机遇，公司加强了铁路发运协调工作，专门成立铁路发运协调办公室，积极协调沟通，成功进入了铁路大客户名单，产品发运难的问题得以有效解决。 
    6、 公司深化内部管理体制改革。为切有效增强抗风险能力，提升主营业务竞争力，公司召开品牌与网络优化整合规划会议，讨论确定了敦煌种业实施品牌战略，优化整合营销网络，建立适应市场经济发展要求的现代企业营销管理体系的措施、办法和途径；以精简机构、竞聘上岗、降低费用、强化责任、创新机制为目的，研究出台了《关于深化棉花企业内部管理体制改革的意见》，实行产销分离经营，实现以期货、电子撮合、集中销售为主要交易形式，进一步理顺了内部管理体制。 
    7、 敦煌种业联手美国杜邦成立敦煌种业先锋良种有限公司。敦煌种业股份有限公司与美国杜邦旗下全资子公司—先锋国际良种公司为整合双方人才、管理、产品技术和资本优势，共同开拓中国春玉米种子市场而成立的中外合资企业，双方共同出资2000万美元，由敦煌种业控股,主要从事玉米杂交种的研发、生产、加工、销售及与此相关的业务。其经营宗旨是：通过使用双方的先进技术和专有技术，加强双方之间的经济和技术合作，生产商品玉米杂交种子以及公司董事会决定的其它产品，提高国内市场现有的玉米杂交种子的质量。作为中国种业首家利用国外品种和相关资源、甘肃省第一家与世界500强企业联手、酒泉唯一的一家中外合资企业，敦煌种业先锋良种有限公司集双方管理优势、技术优势、人才优势、资本优势于一体，充分利用了中国对外开放的优越政策和当地的优越制种资源，具有十分美好的发展前景。它是敦煌种业和先锋公司发展历程中的大事，也是酒泉、中国西部乃至全国种业发展的重要事件，它为促进种业走出国门搭建了一个重要的合作交流平台，对全面提升敦煌种业的市场形象和竞争实力，加速西部乃至全国种业发展，促进酒泉对外开放和推动地方经济再上新台阶等，都具有十分重要的现实意义和长远战略意义。 

   8、 敦煌种业新育成鲜食番茄红樽1号（T-32）和加工番茄Z00-73两个新品种并投入经营开发。公司近年利用现代生物工程技术、核辐照技术和航天育种技术，组织实施了一批玉米、西瓜、加工番茄等自主品种选育研发项目。经过几年努力，育成鲜食番茄红樽1号（T-32）和加工番茄Z00-73两个新品种，经2004-2006年多点试验示范表现优异，于2006年8月通过市科技局组织的专家鉴定，研究成果分别达到省内先进和国内先进水平。两个品种中，鲜食番茄红樽1号（T-32），果实整齐度高，风味佳，口味酸甜适中，汁含量中等，产量6000kg/亩，丰产、中熟、品质优良、耐贮运性强、抗晚疫病、灰霉病等病害，适宜在重庆、山东、河南、甘肃省及其相类似区域进行露地或保护地种植。加工番茄Z00-73属自封顶早熟品种，适合做番茄酱、脱水番茄加工所用，抗晚疫病、叶霉病，中抗早疫病，适宜于酒泉市、张掖、新疆乌鲁木齐、石河子及其相类似区域种植。两个品种都已交付公司营销部门正式经营开发。
    9、 敦煌种业总部乔迁新址。为解决公司办公条件，总部于2006年10月7日正式迁入酒泉市肃州区肃州路28号办公。
    10、  公司涌现一批先进单位和先进人物。酒泉市委、市政府召开表彰大会，公布了2005年度全市工业项目和工业招商引资项目奖励名单，敦煌种业年产3000万条包装袋生产项目、年产3000吨果蔬粉生产项目，项目引荐人王大和先生获得重奖。6月28日，中共酒泉市委召开酒泉市纪念中国共产党成立85周年暨先进性教育活动总结表彰大会，敦煌种业酒泉市种子公司经理、支部书记张振堂同志被大会授予优秀党员称号。7月24日，酒泉市人民政府做出决定，授予公司监事段学义 “酒泉市重大科技贡献奖”，颁发荣誉证书，奖励10万元。9月10日，敦煌种业召开会议，授予敦煌种业河南新科种子开发有限公司、敦煌种业酒泉市种子公司、敦煌种业安西县棉花公司先进企业称号；授予敦煌种业种子开发中心蕃茄育种课题组选育的加工蕃茄品种Z00—73和鲜食蕃茄品种T032科技成果奖；授予李继刚、孟学义、王维政、王善广、刘天祯、谢振海、李象春、高德银等8人优秀管理者称号，授予秦芳、赵建喜、刘国华、殷积斌、李占新、薛臣昌、冯忠、武兴耀、于风霞、王天军、刘青、田正畅、刘锐、陈亚萍、王荣兴、王红梅、何述年、李刚、王成怀、王东、黄相基、王昱、韩多波、肖红军、张学彦、王建、俞建斌、殷万钧、宋天军、吕存玉、郑洪忠、石生江、党莉、王耀军、胡金平等35名同志先进工作者称号。